Kokoelmat saivat alkunsa yli kolmekymmentä vuotta sitten, kun useat sairaalat, laitokset ja yksityiset henkilöt Oulusta ja lähiseuduilta kyselivät lahjoituspaikkaa säilyttämilleen vanhoille terveydenhoitoon liittyville esineille. Perustettiin Terveydenhuollon toimikunta järjestämään asianmukaista säilytystä. Lisäksi aloitettiin esineiden luettelointi Pohjois-Pohjanmaan museon ohjauksessa eläköityneiden terveydenhuollon ammattilaisten talkoovoimin.
Terveydenhuollon museon alakokoelmissa on esineistöä muun muassa Oulunsuun sairaalasta, Joulumerkkikodista, Päivärinteen sairaalasta ja Oulun kaupunginsairaalasta. Alakokoelmissa on erilaisia tutkimus- ja hoitovälineitä, tekstiilejä ja lääkärien vastaanoton kalusteita. Kokoelmissa on myös erityislääkärien, kuten silmälääkärien, hammaslääkärien ja gynekologien välineistöä. Valokuva-aineistoa on suppeasti.